Osmanlı Devleti, özellikle Yavuz Sultan Selim'in Mısır Seferi'nden sonra Akdeniz egemenliğini ele geçirmek için denizciliğe ve dolayısıyla donanmaya büyük önem veriyordu. Bu maksatla Halic Tersâne-si genişletildi ve başka tersâneler de kurulup kapasiteleri arttırıldı.
Gemi yapım ve onarım çalışmalarının en önemli ana malzemelerinden biri olan keresteye Tersâne-i Amire her zaman ihtiyaç duymuştur. Çok eski dönemlerden beri bu ihtiyacı büyük ölçüde karşılayan bölge, Kocaeli livâsındaki ormanları içine alan İznikmid (İzmit), İznik, Yalakâbad, Sarıçayır, Pazarköy, Abısâfî, Karamürsel, Akhisar (Pamukovva), Geyve, Akyazı ve Sabanca kazalarından teşekkül etmekteydi. Bu bakımdan yöredeki "orman denizi", Tersâne-i Amire için "Kereste Ocaklığı" olarak tâyin edilmişti. Yani, yılda belli bir miktarın altında olmamak kaydıyla bu bölgeler kereste temin etmekle yükümlü idiler. Her baharda Donanma-i Hümâyûn Akdeniz, Karadeniz gibi sulara açıldığından, yeni gemilerin yapımı ve onarıma ihtiyaç gösterenlerin yenilenmesi, bol miktarda kereste teminine bağlıydı. Kereste ve keresteden mâmul maddeler (gemi küreği, direk, seren, tüfenk kundağı vb), genellikle orman bakımından zengin olan bu yöreden sağlanıyordu. İzmit Tersânesi için de bu ormanlardan kereste elde ediliyordu. İzmit'de görevli olan "İznikmid Kereste Emîni (Nâzırı)"nin görevi, Tersâne-i Amire'ye kereste naklini sağlamaktı. Kapudan-ı Deryâ'nın teklifiyle atanan İznikmid Kereste Emîni, kerestenin dağlardan kesimi, kıyılara indirilmesi ve İstanbul'a gönderilmesi yanında, bu hususta ortaya çıkabilecek güçlükleri çözmekle de sorumlu idi. Balaban-zâde ve Müderris-zâde Mustafa, meşhur kereste eminlerinden idiler. Kereste Emâneti'nin hesapları, düzenli olarak defterlere kaydedilirdi. Acil durumlarda kesim ve nakil işlerini denetlemek için İstanbul'dan bir "Mübâşir" de gönderilirdi.
Bunun yanında Tersâne-i Amire'nin, Kocaeli ve Sakarya yöresinden sağlanan kalas, tomruk, kereste gibi ihtiyaç maddelerinin Karadeniz'e yahut İzmit Körfezi'ne indirilmesi ve buralardan gemilere yükletilerek emniyetle İstanbul'a nakli işleri ile ilgilenen ve "Tahta Serdârlığı" olarak isimlendirilen bir memuriyet daha vardı. XVIII. yy. sonlarına ait bazı belgelerde zikredilen, ancak Osmanlı tarihi ile ilgili literatürde yakın zamana kadar rastlamadığımız bu memuriyetin, ilk olarak ne zaman teessüs etmiş olduğu hakkında da bilgimiz yoktur. Yeniçeri Ocağı'ndan işbilir, çalışkan, dürüst, nüfuzlu olmasına dikkat edilerek seçilen ve tâyin olunan "Tahta Serdârları"nın, kereste kesilen orman ve bölgelerin güvenliği, eşkıyâ ve soygun olaylarından korunması da önemli görevleri arasında idi. Kasabalara da tahta serdârı atandığı olurdu. Kocaeli Sancağı'nda bazı kazaların "Tahta serdarlığı" ile birlikte "Yeniçeri zâbitliği"nin tek kişinin uhdesine verildiğine dair kayıtlar vardı.
İzmit'in hinterlandı olan Ada (Ada Karyesi), Akyazı, Abısâfî, Sarıçayır, Akhisar ve Geyve yöresi, XVI.-XVII. yy.ın ilk yarısında mavna, kadırga ve baştardaların sütün ve serenlerinin yapımında kullanılacak ağaçların temin edildiği üç bölgeden biri idi. Bu malzemeler, İzmit İskelesi'ne arabalarla nakil olunarak buradan gemilerle İstanbul'da Tersâne-i Amire'ye taşınıyordu.
Bilhassa kalyon sütün ve serenleri için oldukça elverişli ormanlara sahip olması sebebiyle Milan Nehri kenarında bulunan Akçaşehir, Karasu ve Bolu'ya tâbi Eftani kazalarından ve Foçalar Dağı'ndan kereste temin edilirdi.
Gemi küreği ihtiyacının bir kısmı da XVII. yy.ın ikinci yarısına kadar Karasu reâyâsının, avârızları karşılığında yılda 550 kürek vermeleriyle karşılanıyordu.
Gemi fenerlerinin içine konulup yakılarak gemilerin aydınlanmasına yarayan ve fânuslarda yakılmak üzere baştardalarda kullanılan balmumunun (Şem'-i asel) temin edildiği birkaç yerden ikisi de, Sakarya yöresindeki İsmihan Sultan Evkafına ait Karasu ile Çardak idi.
Gemi inşâsı sadece İstanbul ve İzmit'de yapılmıyordu. Sinop, Amasra, Sakarya Nehri'nin üzerinde ve nehrin Karadeniz'e döküldüğü ağızda her dönemde gemi inşa faaliyetleri devam etmiştir. 1515 tarihli bir belgede Bender-Ereğli (Karadeniz Ereğlisi) İskelesi'nin yıllık liman geliri 5.484 akça idi. Bu yekûna, Akçaşehir (Akçakoca) ve Sakarya (Leb-i Sakarya = Sakarya ağzı) da dahildi. Karasu İskelesi'nin adı belgede belirtilmemiş olmakla birlikte, sonraki yıllara ait kayıtlarda bu çok küçük limanın da Bender-Ereğli hesaplarına dahil edildiğini görmekteyiz. Dolayısıyla bu limandan elde edilen gelirin de Bender-Ereğli gümrük mukataasının bir parçasını oluşturduğu tahmin olunmaktadır. Yine belgelerden öğrendiğimize göre XVI. yy.ın ortalarına doğru Karasu, Akçaşehir ve Sakarya ağzı' ndan elde edilen gümrük vergilerinin toplamı, Bender-Ereğli'nin tek başına elde ettiği verginin yarısı kadardı.
Nakledilen kereste miktarından ve inşa edilen gemi adedinden, Kefken Tersânesi' nde büyük bir faaliyet olduğu anlaşılmaktadır. İnebahtı fâciası (1571) akabinde 1572 yılında 15 kadırga, 1703'de de 2 firkate inşa edildiğine dair belgelere rastlanmıştır:
Şubat 1572'de, inşası emrolunan 10 kadırga için lüzumlu kerestenin temini maksadıyla Şile, Sabanca, Akyazı, Konrapa, Göynük, Bend-Ereğli [Bender-Ereğli?] Yenice-i Taraklı, Geyve ve Akhisar kadılarına hüküm gönderilmiştir. Nisan 1572 tarihli Kandıra kadısına gönderilen bir hükümde ise bunlara bir baştarda ve dört kadırganın inşası ilâve edilmiştir. Yine aynı tarihli, mütekaid Vezir Mustafa Paşa'ya gönderilen hükümde, 15 geminin ihtiyacı olan kendirin temin edilmesi emrolunmuştur. Ekim 1572 tarihli İznikmid ve Ada kadılarına yazılan diğer bir hükümde ise, inşası tamamlanan 15 gemide çalışan neccar ve kalafatçıların ücretlerinin ödenmemesinin sebepleri sorulmuştur.
Kefken Tersânesi bir fermanla ihdâs edilmiş ve tâmiri için, avârızı dîvâniyyeden muaf olmak karşılığında o yöreden sekiz kişi, kendi istekleriyle görevlendirilmişti.
Karadeniz kıyısında bulunan Kerpe'de de 1703 yılında iki firkate inşa edildiğine dair belgeye rastlanmıştır.
Sakarya nehrinde 1571'de 5 kadırga inşa edilmiştir. Bu tarihte Akhisar, Geyve, Yenice, Göynük ve Akyazı kadılarına yazılan bir hükümde, önce 15 kadırga inşası için san'atkâr temini emredilmiş; daha sonra Kandıra kadısına ve Nuh Çavuş'a gönderilen hükümde bu gemilerden 10'unun inşasından vazgeçildiği bildirilmiştir